在巢穴章节中一共有四种结局可以达成，只要康纳不死就是可以成功进入下一个章节的成功结局，一共有三种，而康纳死亡的死亡结局有一种。整个章节被分成了两个部分，第一个等汉克吃饭，第二个是进入鸽子屋寻找异常仿生人。在第一个等汉克吃饭的环节中，只会根据对话影响汉克的好感度，对本章的结局并没有什么影响。不过如果在此章节之前和汉克的好感度过低，会直接被汉克骂一顿之后进入鸽子屋的第二个环节。

在鸽子屋里探查异常仿生人的线索，首先是搜查阶段，其次是追逐阶段。首先开始搜查，如果迟迟不行动，汉克和康纳会离开公寓，达成没找到鲁伯特的结局。在搜查过程中，有两处关键的调查点，一处是墙里的日记本，另一处是浴室里的涂鸦并重建过程，其他一些调查点没有找完不会影响剧情发展。在踩着椅子找到上方的异常仿生人之后，开启一场追逐战。开启追逐阶段，在追逐阶段有三种结局，其中一个是死亡结局，需要在追逐的过程中不慎从楼上跌落。还剩下两种，在追逐的过程中，如果跟丢鲁伯特，则会达成鲁伯特成功逃脱的结局，后面的章节因为任务失败会被阿曼达骂。

追逐时将要追上鲁伯特，他会把汉克推下去，会出现是否要救汉克的选择，如果选择救汉克，也会是鲁伯特成功逃脱的结局。如果选择了不救汉克继续追逐的话，鲁伯特会认为康纳同为仿生人却为人类卖命而跳楼自杀，从而达成第四种鲁伯特自杀的结局。另外，在追到鲁伯特，鲁伯特推汉克出现选项的时候，选择救汉克可以增加好感度，选择不救则会降低好感度，并且被汉克扇巴掌。