在完成了卢特兰的所有主线任务后，需要前往下一个大陆托托可，此时便会解锁航海系统的玩法。来到港口后打开航海界面，在最左侧是船员管理，可以根据下方的船员目录，选择需要上船的人员。船员存在品质差异，最高的为橙色，最低的为白色，船员的品质越高，增加的海上抗性和移动速度也就越多。不同种类的船只还会拥有对应的专属员工，例如卡尔斯是艾斯托克的专属船员，无法装备到其他船上。

船只的等级越高可部署的船员也就越多，在右侧的最上方，会显示当前船只的名字和等级。点击升级能看到需要的材料分别是木材、设计图、船舶的配件材料，其中木材可在每个港口的红茶天秤公会船处，使用海掠者硬币兑换。升级面板中的所有材料，都是船只后期升级所需要的，设计图同样在港口兑换，但是需要前往的船只是流浪商船，花费的硬币为加纳硬币。

船舶配件材料的获取方式有两种，一种是到每个主城的加工师处，通过采集获得的材料兑换相应的船舶配件，还可以在拍卖行购买。船舶技能只能在航海活动中使用，当航行到水草海域时，能明显看见船只的航行速度降低了，但这并不影响耐久度，没什么大影响，不用特意考虑这个海域。行驶到沙暴海域时，会加快船只耐久度的损耗，当危险海域条满值时会直接消耗300点船只耐久度，并且遮挡视野。在塞壬海域中会加快船只耐久度的损耗，当危险海域条满值时会直接消耗750点耐久度，并且船只会悬停两秒。

在暴雨海域时船只的耐久度消耗会更快，当危险海域条满值时会直接消耗300点耐久度，并且无法使用技能。在王者海域里会降低船舶的移动速度和耐久度，且危险海域条上涨的速度较快，满值后会直接损耗350点耐久度，同时视野范围变小。寒流海域是冰天雪地，进入后船只也会额外消耗耐久度，等危险海域条满值时会减少200点耐久度，并且降低移动速度，最多可以叠加九层。海域存在着等级，等级越高的海域，对我们船只耐久度的破坏也就越大，当其耐久降低零的时候就必须要将其开到港口处进行返修。